Zgodnie z uzasadnieniem przedstawionym przez stronę rządową zmiany są głównie konsekwencją uwag zgłoszonych przez Ministerstwo Aktywów Państwowych, zdaniem którego nowe regulacje będą zdecydowanie większym obciążeniem dla spółek Skarbu Państwa, niż dla wielkich korporacji z siedziba za granicą.
- Pierwsza z wprowadzonych zmian dotyczy sposobu ustalania straty i udziału dochodów w przychodach, jakie powodują objęcie danego podatnika podatkiem minimalnym.
Proponuje się, by w ramach tych wartości nie uwzględniać przychodów i kosztów związanych z transakcjami w ramach których cena lub sposób określenia ceny wynika z przepisów ustaw lub wydanych na ich podstawie aktów normatywnych oraz podatnik poniósł ze źródła przychodów innych niż z zysków kapitałowych:
- stratę z takiej transakcji,
- albo osiągnął z takiej transakcji udział dochodu w przychodach nieprzekraczający w roku podatkowym 1%,
przy czym obliczenia straty i udziału dochodów w przychodach dokonuje się odrębnie dla transakcji tego samego rodzaju.
Zgodnie z uzasadnieniem Rządu w sytuacji gdy cena lub sposób określenia ceny ma charakter regulowany, podmioty które osiągają niską zyskowność z uwagi na objęcie transakcji cenami regulowanymi, byłyby z tego tytułu obciążone dodatkowym podatkiem, który pogłębiałby ich problemy z rentownością ekonomiczną (chodi tu głównie o ceny regulowane energii elektrycznej).
- Kolejna zmiana dotyczy możliwości pomniejszenia kwoty minimalnego podatku dochodowego podlegającej wpłacie o należny za ten sam rok podatkowy podatek obliczony na zasadach ogólnych.
Zgodnie z uzasadnieniem Ministerstwa Finansów regulacja ta ma na celu jednoznaczne określenie sposobu postępowania w sytuacji, gdy za dany rok podatkowy u podatnika wystąpi do zapłaty zarówno minimalny podatek dochodowy, jak i podatek obliczony na zasadach ogólnych. Dochodzi w ten sposób do swoistej kompensaty obydwu danin, co wyklucza podwójne obciążenie tą samą kwotą z tytułu podatku dochodowego.
- Zdecydowano również poszerzyć katalog podatników do których nie będzie miał zastosowania alternatywny podatek minimalny.
Dodano wyłączenie dla podmiotów które osiągają większość przychodów ze źródeł innych niż zyski kapitałowe z eksploatacji w transporcie międzynarodowym statków morskich lub statków powietrznych oraz z wydobywania kopalin, których ceny zależą bezpośrednio lub pośrednio od notowań na światowych rynkach. Zgodnie z uzasadnieniem przedstawionym przez Ministerstwo Finansów wyłączenie z zakresu stosowania podatku minimalnego podmiotów osiągających przychody z eksploatacji statków morskich i powietrznych ma na celu zapewnienie zgodności nowych regulacji z zawartymi przez Polskę umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania (tego rodzaju przychody co do zasady są opodatkowane w państwie, gdzie znajduje się siedziba podatnika). Natomiast wyłączenie dotyczące kopalin, których ceny reguluje rynek, spowodowane jest koniecznością uwzględnienia nagłych zmian cen i w konsekwencji dochodowości podmiotów działających w tych branżach, na które to zmiany nie zawsze podmioty te mają wpływ, przy uwzględnieniu trudności (kosztochłonności) wprowadzania zmian w działalności tych podmiotów. W praktyce oznacza to konieczność kontynuowanie działalności operacyjnej również w sytuacjach, gdy trwa bessa na globalnych rynkach surowcowych oraz gdy odnotowywana jest wysoka zmienność tych rynków.
