Od powyższej generalnej zasady przewidziano jednak wyjątki.
Zgodnie z art. 106b ust. 1b ustawy o VAT, faktury zaliczkowe nadal trzeba będzie wystawiać w przypadkach, o których mowa w art. 106i ust. 3-8 ustawy o VAT, tj. np.:w przypadku świadczenia usług budowlanych lub budowlano-montażowych dla podatników, dostawy książek drukowanych, rozliczenia zwrotów wydawnictw czy opakowań albo żądanie klienta.
W przypadku skorzystania przez podatnika z możliwości niewystawienia faktury zaliczkowej, wystawiona przez podatnika faktura końcowa powinna zawierać datę dokonania lub zakończenia dostawy towarów lub wykonania usługi i datę otrzymania zaliczki, jeżeli taka data jest określona i różni się od daty wystawienia faktury.
Jeśli podatnik, wystawiać będzie faktury zaliczkowe, zobligowany jest do umieszczenia na fakturze końcowej numery identyfikujące poprzednie faktury w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF), a w przypadku faktur innych niż faktury ustrukturyzowane - numery poprzednich faktur.
Zmiany te mają charakter doprecyzowujący, ponieważ stanowisko organów skarbowych w tym zakresie już od dłuższego czasu było zbieżne z nowymi przepisami. Doprecyzowanie przepisów należy jednak ocenić pozytywnie, gdyż likwidują w tym zakresie niepewność podatników.
